2月27日，中共中央、国务院在人民大会堂隆重召开国家科学技术奖励大会，表彰2006年度对中国科学技术事业做出重要贡献的科技工作者。有5个项目以北京大学作为第一完成人单位或者第一完成单位获得国家科学技术奖（包括1项国家自然科学奖，2项国家技术发明奖，2项国家科技进步奖），获奖总数排名高校第一，与北京大学每年获得国家科学技术奖奖励数目的最高纪录持平。此外，北京大学作为第一完成人单位获得国家技术发明奖实现了零的突破。

2006年度中国科学院遗传发育所研究员、中国科学院院士李振声荣获国家最高科学技术奖。国家自然科学奖授奖项目２９项，其中一等奖２项，二等奖２７项；国家技术发明奖授奖项目５６项，其中一等奖１项，二等奖５５项；国家科学技术进步奖授奖项目２４１项，其中特等奖１项，一等奖２０项，二等奖２２０项；授予２名外籍科学家中华人民共和国国际科学技术合作奖。

以北京大学作为第一完成单位或第一完成人单位获奖项目具体情况如下：

国家自然科学奖二等奖

成果名称：磁性金属配合物的设计、结构与性质

获奖人：高松、严纯华、陈志达、王哲明、苏刚

国家技术发明奖二等奖

成果名称：使用单层分散型CuCl/分子筛吸附剂分离一氧化碳技术

获奖人：谢有畅、唐有祺、张佳平、耿云峰、唐伟、童显忠

成果名称：硅基MEMS技术及应用研究

获奖人：王阳元、张大成、郝一龙、闫桂珍、李婷、张海霞

国家科技进步奖二等奖

成果名称：报业数字资产管理系统

获奖人：赵东岩、熊开宏、田朝飞、肖建国、曹学军、卢作伟、全心、陈新、周祖胜、刘洋

成果名称：基于Internet、以构件库为核心的软件开发平台

获奖人：杨芙清、梅宏、谢冰、赵文耘、赵俊峰、张路、张世琨、王亚沙、麻志毅、赵海燕